Captain Spock ist tot und sein Körper wurde in einem Sarg auf den durch das Genesis-Projekt neu entstandenen Planeten befördert. Ein Cliffhanger eben, da die Produzenten hofften, dass Leonard Nimoy doch noch Interesse an seiner Paraderolle hatte.

Das Interesse war vorhanden, aber nur, wenn er auch Regie führen darf. Das durfte er nach einigen Verhandlungen auch und es wurde gleichzeitig noch das Debüt des Regisseurs Nimoy.

Nach dem schweren Kampf mit Khan ist die Enterprise mächtig angeschlagen auf der Erde angekommen. Nach vielen Jahren im Dienst lohnt sich die Reparatur nicht mehr wirklich und so wird das Schiff in den Ruhestand geschickt. Die Crew wurde aufgelöst und auf andere Schiffe, wie der neuen Excelsior verteilt. Dr. McCoy legt ein merkwürdiges Verhalten an den Tag, wie man später herausfindet hat Spock am Ende von Star Trek 2 seinen Geist in McCoy gebeamt. Auf dem Genesis Planet ist dann auch ein Forschungsteam angekommen, bestehend aus Lt. Saavik und Kirks Sohn David Marcus. Sie finden Spocks Sarg, der leer ist, dafür aber kurz darauf ein vulkanisches Kind, das als Spock identifiziert wurde. Der klingonische Kapitän Kruge ist derweil auf Genesis aufmerksam geworden und sieht darin die ultimative Waffe, die er natürlich erobern will. Also macht sich das klingonische Schlachtschiff auf nach Genesis. Kirk wiederum erhält Besuch von Spocks Vater Sarek, der ihm klar macht, das Spock lebt und er auf Vulkan gebracht werden muss, um ihn wieder komplett herzustellen. Nur wie soll Kirk nach Genesis kommen?

Die Story ist recht umfangreich, einerseits wird Star Trek 2 weitergeführt, dann hat man wieder die Klingonen ausgegraben und gleichzeitig stellt man die Weichen für Star Trek 4. Recht umfangreich - und so ist der Film auch mitunter etwas langatmig. Die Action wurde recht stark zurückgefahren. Einzig die Schlacht zwischen der Enterprise und dem Klingonenschiff ist etwas länger und gut inszeniert, wogegen das Finale auf Genesis reichlich öde wirkt.

Etwas mehr Action und vielleicht eine etwas kürzere Laufzeit hätten dem Film gut getan. Trotzdem ist das Regiedebüt von Leonard Nimoy noch als gelungen zu bezeichnen.